Antes de fallecer en 1977, Srila Prabhupada estableció la Comisión del Órgano Gobernante (GBC) como la máxima autoridad administrativa de ISKCON. Su principal responsabilidad es preservar, difundir y llevar a cabo las instrucciones de Srila Prabhupada. La GBC se reúne en Mayapur, Bengala Occidental, para una Asamblea General Anual y aprueba resoluciones mediante votación. Este órgano eclesiástico está compuesto por unos treinta miembros que supervisan individualmente la gestión y los estándares espirituales de todos los centros de ISKCON, proyectos afiliados y devotos en las regiones geográficas asignadas. Los miembros de la GBC también supervisan proyectos, iniciativas y ministerios. Un director ejecutivo, los jefes de ministerios de ISKCON y los delegados de la GBC apoyan a la GBC. Bajo la supervisión de la GBC se encuentran los Órganos Gobernantes Regionales (RGB) y los Presidentes de Templo. Cada templo de ISKCON está constituido individualmente y gestiona sus asuntos a través de líderes locales.